Con la maglia della Juventus ha giocato 21 partite, segnando 7 reti nella stagione 2006-07, quella della Serie B post Calciopoli: 5 gol in campionato (in 18 giornate), 2 in Coppa Italia (in 3 presenze). All'epoca Valeri Bojinov aveva 20 anni, e veniva da due buone stagioni con il Lecce e la Fiorentina, complessivamente aveva segnato 17 gol in 47 partite.
Con la retrocessione in B, i bianconeri hanno deciso di portarlo a Torino. Il tempo di contribuire alla promozione, poi la cessione al Manchester City per 8 milioni e mezzo di euro, dopo aver rifiutato la proposta di rinnovo.
Oggi, dopo la chiusura del suo rapporto con il Levski Sofia, secondo quanto riportato da Temasport.com sarebbe finito nel mirino del Lokomotiv Sofia.